در جای دیگری مقام معظم رهبری می فرمایند: ” آنچه که براى یک محیط علمى و دانشگاهى وظیفه آرمانى محسوب مى‏شود، این است که در زمینه مسائل علمى، نواندیش باشد. معناى واقعى تولید علم این است. تولید علم، فقط انتقال علم نیست؛ نوآورى علمى در درجه اوّلِ اهمیت است. این را من از این جهت مى‏گویم که باید یک فرهنگ بشود. این نواندیشى، فقط مخصوص اساتید نیست؛ مخاطب آن، دانشجویان و کلّ محیط علمى هم است. البته برای نوآوری علمی - که در فرهنگ معارف اسلامی از آن به اجتهاد تعبیر میشود - دو چیز لازم است: یکی قدرت علمی و دیگری جرأت علمی. البته قدرت علمی چیز مهمی است. هوش وافر، ذخیره علمی لازم و مجاهدت فراوان برای فراگیری، از عواملی است که برای به دست آمدن قدرت علمی، لازم است؛ اما این کافی نیست. ای بسا کسانی که از قدرت علمی هم برخوردارند، اما ذخیره انباشته علمی آنها هیچ جا کاربُرد ندارد؛ کاروان علم را جلو نمیبرد و یک ملت را از لحاظ علمی به اعتلاء نمیرساند. بنابراین جرأت علمی لازم است… اگر بخواهید از لحاظ علمی پیش بروید، باید جرأت نوآوری داشته باشید. استاد و دانشجو باید از قید و زنجیره جزمیگری تعریف‌های علمی القاء شده و دائمی دانستن آنها خلاص شوند”

در این مقطع تاریخی یعنی (۱۳۸۰-۱۳۶۰) بیشتر توجه مسئولین دانشگاهی، معطوف به استفاده از دروس و علوم برخواسته از تولیدات اندیشمندان اروپایی و آمریکایی بود و در رشته های علوم انسانی نیز نظرات اندیشمندان غربی و شرقی تا آنجایی که تضاد آشکاری با معارف اسلامی نداشت تدریس می شد.

سال ۱۳۷۶ شورای اسلامی شدن دانشگاهها از سوی شورای عالی انقلاب فرهنگی مسئول شد، تا در جهت تهیه برنامه های مدون برای پیشبرد هر چه بهتر اسلامی سازی دانشگاهها تلاش کند.
در دانشگاهها گروه های معارف اسلامی شکل گرفت و به عنوان دروس عمومی در کنار دروس رشته های تخصصی تدریس می شد.
اما این رویکرد هم بسیاری از مشکلات حکومت اسلامی و جامعه اسلامی ایران را رفع نمی کرد. به عنوان مثال: فلسفه اسلامی بسیاری از علوم اصلا شناخته نشده بود، لذا جهت گیری و کاربرد علوم تامین کننده نیازهای یک جامعه اسلامی نبود.
اما تا این مقطع زمانی هیچ نوع الگو و تحقیقات جامعی تهیه نشد و همچنان برخی نیازهای روزانه دانشگاهیان به تغییرات جزئی در متون درسی به خصوص در سطح کتب دروس عمومی معارف اسلامی مورد توجه بود.
موج چهارم
در سال ۱۳۸۲ بعد از سخنان مقام معظم رهبری و مطالبه نهضت جنبش نرم افزاری از دانشگاهیان بار دیگر توجه همگان را به خود جلب کرد. این بار تولید محتوای علوم دینی مناسب با مقتضای زمان ضرورت بیشتری از خود نشان می داد.
در حال حاضر که دوباره موضوع اسلامی شدن دانشگاهها از سوی مسئولین وزارت علوم و تحقیقات در کشور مطرح شده است، طرح جامع و کاربردی جهت ایجاد تحولی اساسی در دانشگاهها تهیه نشده است.
آقای شاطری دبیر شورای اسلامی شدن دانشگاهها و مراکز آموزشی در تاریخ ۱/۱۲/۱۳۸۹ در این خصوص می گوید: “تا الان هم، هنوز چیزی به اسم نقشه ی اسلامی شدن دانشگاه ها و مراکز آموزشی وجود ندارد. طبیعتا رفتن از وضع موجود دانشگاه به سمت وضع مطلوب که دانشگاهی با ویژگی‌ها و مختصات یک دانشگاه اسلامی است احتیاج به یک نقشه ی راه دارد، نقشه‌ای که تمام مبانی، مقاصد، اهداف، اصول و موازین حاکم بر این حرکت را مشخص کند. همچنین سهم، نقش و جایگاه دستگاه‌های مرتبط با این فرایند تحولی و تکاملی را مشخص کند. ما متاسفانه یک چنین نقشه‌ای را تا الان نداشته‌ایم. در دو سال گذشته تلاش ما بر این بود که مطالعات مقدماتی را در رسیدن به این نقشه انجام دهیم و کارهای اولیه هم تقریباً انجام گرفته است. امید ما این است که تا یکی دو سال آینده از یک نقشه مناسب برخوردار باشیم و آن را مبنای سیاست‌گذاری فرایند اسلامی سازی در دانشگاهها، در دو مورداسلامی‌شدن علم که همان تولید علم دینی است و توسعه و ترویج دین در حوزه فرهنگ یعنی نزدیک کردن آیین رفتاری، بینشی و منشی دانشگاهها، به الگوی فرهنگ اسلامی قرار دهیم.”
به نظر می آید “موضوع اسلامی شدن دانشگاهها” با توجه به مراحل گذشته هنوز تا رسیدن به سر منزل مقصود نهایی راهی بس طولانی باید طی کند.(همان)
اکنون پس از ذکر این روند تاریخی مختصر، وارد مسایل اساسی تر می شویم.
برداشتهای گوناگون ازدانشگاه اسلامی ایرانی
برداشتها ودیدگاهای مختلفی ازدانسگاه اسلامی هسست که درزیربه آنها اشاره می کنیم.

1. 1. صورتگرایى‏

برخى از صاحب نظران و کسانى که به دنبال اسلامى کردن یا اسلامى شدن دانشگاه هستند، بر رعایت ظواهر و شعائر در رفتار فردى و جمعى دانشگاهیان، فضاى ظاهرى دانشگاه و وضع ظاهر و پوشاک دانشجویان و اساتید و نوع روابط دانشجویان پسر و دختر و غیره تأکید دارند. به تعبیر دیگر بیشتر به دنبال این هستند که دانشگاه را در حوزه‏ى رفتار دینى اسلامى کنند.
تشکیل کمیته‏هاى انضباطى، گروههاى امر به معروف و نهى از منکر، گزینش دانشجو با معیارهاى شریعت محور، طرح انطباق در دانشکده‏هاى علوم پزشکى و… از اقداماتى است که حداقل توسط طراحان و طرفداران این دیدگاه براى اسلامى کردن دانشگاه صورت گرفته است. تحقیقات انجام شده درباره‏ى دیندارى دانشجویان توسط برخى از افراد و نهادهاى دانشگاهى و مرتبط با دانشگاه و نتایج اعلام شده بیشتر ناظر به همین دیدگاه است؛ یعنى گزینه‏ها و شاخص‏هایى که براى سنجش دیندارى و عدم دیندارى دانشجویان انتخاب شده حاکى از این دیدگاه است.

2. 2. معناگرایى‏

برخى از صاحب نظران نگاهى عمیق‏تر، دقیق‏تر و علمى‏تر به بحث دارند. دانشگاه اسلامى را نه در سطح و ظواهر و ساختار بیرونى، که در معنا، باطن و لایه‏هاى زیرین جستجو مى‏کنند. البته نه اینکه ظواهر و ساختار بیرونى براى آنها اهمیت ندارد، بلکه ظواهر، شعائر و ساختار بیرونى را میوه‏هاى دانشگاه اسلامى مى‏دانند و ریشه و مبنا را ارزش‏هاى درونى الهى، انسانى، اسلامى سازى علوم اجتماعى - انسانى و حتى طبیعى مى‏دانند و بر این باورند، اگر ریشه‏ها اصلاح نشود ساختار بیرونى اصلاح نمى‏شود. معناگرایى را مى‏توان به “معناگرایى علمى” و “معناگرایى ارزشى” تقسیم کرد.
۱ - ۲٫ معناگرایى علمى‏
جمعى از متفکران بر این اعتقادند که اسلامى شدن دانشگاه با اسلامى سازى علوم، رابطه‏ى زیربنا و روبنا دارد؛ یعنى مبناى اسلامى کردن دانشگاه، اسلامى سازى علوم است. به همین جهت هم سعى بسیارى در جهت نظریه‏پردازى در باب چگونگى اسلامى سازى علوم صورت گرفته و هم عده‏اى بر اساس همین نظریات کوشش کرده‏اند نمونه‏هاى علوم اجتماعى اسلامى را تبیین و ترسیم کنند. جامعه‏شناسى اسلامى، روان‏شناسى اسلامى، اقتصاد اسلامى، مدیریت اسلامى و… در راستاى تحقق بخشیدن به اسلامى سازى علوم است که در دنیاى اسلام و ایران شکل گرفته است.

اسلامى سازى علوم مبتنى بر رابطه‏ى عقل و وحى و علم و دین است. زمانى مى‏توان از اسلامى سازى علوم سخن گفت که بتوان بین عقل و وحى و علم و دین سازگارى ایجاد کرد. به اعتقاد برخى براى ترسیم دانشگاه اسلامى، اولین و مهمترین مسأله، یافتن روش‏ها و متدولوژى‏هاى تنظیم کننده‏ى نسبت میان علم و دین در رشته‏هاى گوناگون است. سخن از سازگارى یا عدم سازگارى وحى و عقل در اسلام و مسیحیت پیشینه‏اى بس بلند دارد و در جاى خود، هم به جهت تاریخى و هم به جهت نظرى، بحث شده است. و درباره‏ى کیفیت ارتباط دین و علوم انسانى معاصر نیز نظریات گوناگونى از جمله انفعالى، جایگزینى، گزینشى، پرورشى، تلفیقى، تفکیکى، استقلالى یا تاسیسى مطلق، تاسیس روش و تحلیلى جمعى ارائه شده است که بحث مستقل و مستوفایى را مى‏طلبد و مورد نظر ما در این قسمت نیست. آنچه در اینجا مدنظر است این است که بنابر دیدگاه معناگرایى علمى، اسلامى کردن دانشگاه باید مبتنى بر اسلامى کردن علوم باشد. برخى از متفکرین این دیدگاه، علاوه بر علوم اجتماعى و انسانى بدنبال اسلامى کردن علوم طبیعى، فنى و مهندسى نیز هستند. تلاش در جهت اسلامى کردن علوم چیز تازه‏اى نیست، بلکه از عمر آن چند دهه در دنیا و کشورهاى اسلامى مى‏گذرد. بحث از علوم اسلامى و روش‏شناسى علوم در عصر حاضر در ایران در حدود دهه‏ى پنجاه میلادى صورت گرفته است.
۲-۲٫ معناگرایى ارزشى‏
عده‏اى علاوه بر تأکید بر ظواهر و شعائر دینى، معتقدند که دانشگاهى اسلامى است که در آن ارزشهاى الهى، انسانى و ملى از قبیل استقلال، فایده مندى، سعه‏ى صدر، تضارب آرا، اندیشه‏ورزى، تهذیب، سلامت نفس، تکریم انسانها، رعایت حقوق فردى و اجتماعى افراد، وفاى به عهد و… حاکم باشد؛ به دیگر سخن دانشگاهى اسلامى است که ارزش‏هاى باطنى را محور قرار بدهد، نه مناسک‏گرا و ظاهرگرا باشد، آنهم بیشتر ناظر به ارزشهاى اسلامى و شیعى باشد.

3. 3. دانشگاه اسلامى حداقلى‏

- برخى را این باور است که دانشگاه اسلامى، دانشگاهى نیست که در آن اسلامى سازى علوم شکل بگیرد یا شریعت محور و ارزش مدار باشد به معناى ایجاب و ایجاد، بلکه دانشگاه اسلامى دانشگاهى است که نباید در آن عملى و اندیشه‏اى خلاف باورها، نگرش‏ها، اخلاقیات، ارزشها، مناسک و شعائر فردى و جمعى اسلامى و شیعى صورت بگیرد.
- برخى دیگر معتقدند علاوه براینکه نباید عملى و اندیشه‏اى خلاف باورها، نگرش‏ها، اخلاقیات، ارزشها، مناسک و شعائر فردى و جمعى اسلامى صورت بگیرد، بلکه با ید همه‏ى اینها لباس ایجاد و ایجاب بپوشند و حتى باید حداقلهاى اسلامى و دینى به شکل ایجادى و ایجابى رعایت شود، در حقیقت این دیدگاه برخلاف دیدگاه حداقلى که به ایجاد و ایجاب معتقد نبود به ایجاب و ایجاد به نحو اتمّ معتقد است.

4. 4. گروهى معتقدند که در جامعه‏ى اسلامى سخن از اسلامى کردن دانشگاه جایگاهى ندارد به جهت اینکه وقتى جامعه‏اى داراى حکومت اسلامى است و مردم آن مسلمان هستند، دانشگاه خود بخود اسلامى است چون اساتید دانشجویان، کارمندان و… مسلمان هستند. به دیگر سخن زمانى که جامعه‏اى اسلامى شد، همه‏ى نهادها، سازمانها و موسسات آن اسلامى است پس اسلامى کردن دانشگاه تحصیل حاصل است. (دژاکام.۱۳۸۲٫۴۷)

دانشگاه اسلامی- ایرانی از دیدگاه امام خمینی (ره):
سخنان امام (ره) قبل از انقلاب اسلامی